La Secretaría de Inteligencia y Búsqueda de Personas, el Congreso estatal y la Secretaría de Igualdad Sustantiva entre Mujeres y Hombres; son las dependencias estatales que presentan recorte de recursos en el proyecto de presupuesto estatal 2027. En el caso de la Secretaría de Inteligencia, la disminución será de 50.3 millones de pesos, al pasar de 2,110 millones aprobados para este año a 2,059 millones para el próximo. La Secretaría de Igualdad recibiría 628.2 millones, 26 millones de pesos que este año. En el caso del Congreso de Jalisco accedería a 1,355 millones de pesos, lo que representa 34.2 millones de pesos que este año. La Secretaría de Gestión del Agua tienen una reducción de 882.5 millones, tras las reasignaciones hechas para obras del Siapa. La Secretaría de Asistencia Social disminuye 344.9 millones, la de Desarrollo Económico 86.2 millones y la de Agricultura y Desarrollo Rural 20 millones.
También tiene ajuste a la baja el recurso de la Jefatura de Gabinete con recorte de 276 mil pesos. Pese a ser año electoral el recurso propuesto para el Instituto Electoral es el mismo que este año por 647 millones 667 mil pesos. Dependencias como Tribunal Electoral, Tribunal de Justicia Administrativa, Secretaría Ejecutiva del Sistema Anticorrupción, el Fondo Estatal para la Atención de Desastres Naturales y la Comisión Estatal de Derechos Humanos tendrían el mismo recurso que este año.
En la contra parte, los mayores crecimientos de presupuesto se solicitan para Secretaría de Educación 4,151 millones, Secretaría de Transporte 1.524 millones, Universidad de Guadalajara con 1,404 millones de pesos.